土木工程系是清华大学历史最悠久的系科之一。1916年，清华学校（清华大学前身）即开始招收土木工程学科的留美专科生。1928年，清华学校更名为“国立清华大学”，此时就已经有土木工程系。新中国成立后，1952年全国高校院系调整，北京大学、燕京大学的土木系并入清华大学土木系，设有工业与民用建筑设计、建筑施工、给排水、暖通、建筑材料五个专业，学制5年。1970年，土木建筑系改称建筑工程系。2000年，为适应形势的需要，在土木工程系和水利水电工程系的基础上成立了土木水利学院，并在两系各自的工程管理相关专业的基础上成立了建设管理系。
 

清华大学土木水利学院下设结构工程研究所、防灾减灾工程研究所、结构力学教研室、地下工程研究所、交通工程研究所、建筑材料研究所以及地球与空间信息研究所，以及教育部重点实验室“结构工程与振动实验室”。承担国家自然科学重点基金、国家十五科技攻关计划项目、国家十一五科技支撑计划项目和省部级重点科研项目，以及国家奥运场馆等大型工程的横向科研项目等。

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